專家們普遍認為，條例的頒布將大力提升我國畜禽養殖廢棄物綜合利用的整體水平及畜禽養殖業的環境保護水平，有利于從根本上突破農業可持續發展面臨的資源和環境瓶頸。

以環境保護優化畜禽養殖產業發展中國工程院院士金鑒明認為，近年來，我國畜禽養殖業發展迅速，已經成為農村經濟最具活力的增長點。但由于我國畜禽養殖業發展缺乏必要的引導和規劃，出現了布局不合理、種養脫節的現象，部分地區養殖總量超過環境容量，致使環境污染嚴重。“在《畜禽規模養殖污染防治條例》頒布之前，我國還沒有國家層面上專門的農業環境保護類法律法規。

事實上，畜禽養殖業的環境問題已經成為妨礙產業本身健康發展的重要因素。”金鑒明指出。“畜禽養殖業要實現可持續發展、實現產業優化和升級，必須要加強環境保護。”金鑒明說，《畜禽規模養殖污染防治條例》的出臺就是要推動畜禽養殖業從加強科學規劃布局、加強環保設施建設，從而實現以環境保護促進產業優化和升級，為實現畜禽養殖產業發展與環境保護的和諧統一提供有力的制度保障。堵住污染，嚴防廢棄物隨意排放在中國環境科學研究院研究員韓永偉看來，畜禽養殖廢棄物的綜合利用率不高的另外一個重要原因是缺乏明確的規范要求。

通過立法加強畜禽養殖業的環境監管，嚴防廢棄物不當處理和處置污染環境十分有必要。中國農科院研究員楊正禮認為，畜禽規模化養殖業疫病風險較大，一旦發生疫病將給養殖者帶來難以估計的直接和間接經濟損失。此外，養殖場所的環保水平還直接關系到鄰里關系的和諧，不注意加強環保容易導致糾紛，也會直接影響產業發展。條例就加強畜禽養殖環境保護監管做出了系列規定，包括新改擴建畜禽養殖項目要依法進行環評；養殖場和小區報批建設的環節需要在環評文件中明確廢棄物的處理措施；要建設與其產能規模相適應的廢棄物貯存、雨污分流等污染防治設施，未建設、建設不合格或不能正常運行的不允許投產和使用；糞肥、沼渣、沼液還田要考慮土地消納能力，嚴禁隨意處置畜禽尸體等。“認真落實這些環保要求，對提高畜禽養殖場所防控疫病的能力以及促進與鄰里關系的和諧都會有積極作用，從而更好地保障畜禽養殖業持續健康發展。”楊正禮說。多重措施鼓勵廢棄物綜合利用中國農業大學教授董仁杰認為，畜禽糞便等廢棄物是很好的生物質資源，可以用于制造沼氣、生產有機肥，適量適時的還田利用對于保障土壤有機質含量、保障農田生產力的可持續具有重要意義。

但是由于缺乏有效的政策機制保障，大量畜禽糞便得不到有效利用，造成了水體和土壤環境的污染。”“如何建立推動農業生產方式轉變的體制機制？如何改變長期以來畜禽養殖廢棄物得不到合理利用反而形成環境污染的困局？條例正是破解這個難題的制度建設實踐。”董仁杰表示。韓永偉指出，條例規定了一系列對廢棄物綜合利用的扶持和鼓勵措施，例如：明確對沼氣、制肥等綜合利用設施以及沼渣沼液輸送和施用、沼氣發電等相關配套設施建設予以鼓勵和支持。

此外，條例還規定了對廢棄物利用予以稅收優惠并享受農用電價格，對有機肥購買使用予以不低于化肥的補貼等優惠政策，利用廢棄物進行沼氣生產和發電的享受新能源優惠等。“這些規定都將有利于促進畜禽糞便等廢棄物更多地流向綜合利用，在提高環境保護水平的同時促進產業健康發展，實現雙贏。”楊正禮說。