3月29日，安徽省宿州市泗縣和蕭縣，馬鞍山市和縣，淮北市相山區和烈山區部分養殖戶從外地調入的羊只出現疑似小反芻獸疫癥狀；3月30日，重慶市 云陽縣、巴南區部分養殖戶從外地調入的羊只出現疑似小反芻獸疫癥狀。7個縣區累計發病羊747只，死亡378只。3月31日，7起疫情分別經安徽省、重慶 市動物疫病預防控制中心診斷為疑似小反芻獸疫疫情。
4月3日，經國家外來動物疫病研究中心確診，安徽省、重慶市發生的7起疫情均為小反芻獸疫疫情。
疫情發生后，農業部迅速派出工作組，赴安徽省、重慶市指導當地獸醫部門開展疫情處置工作，切實落實各項防控措施。
當地按照有關應急預案和防治技術規范要求，嚴密封鎖疫區，加強消毒滅源和監測排查，切實做好疫情處置各項工作。目前，安徽省、重慶市已對369只病羊及同群羊進行撲殺和無害化處理，各項撲疫工作正在進行中。