消毒是現代畜牧養殖中十分重要的一環，不同的消毒藥使用范圍不同、消毒效果各異，畜牧養殖中常用的消毒藥有：

1.碘酊：5％碘酊用于外科手術部位、外傷及注射部位的消毒。用碘酊棉球涂抹局部。本品殺菌能力強，用后不易發炎，并對組織毒性小，穿透力強，是每個養殖場和專業戶必備的皮膚消毒藥。

2.酒精：市售酒精常為95％，用水配制為70％的酒精，消毒效果好。70％酒精浸泡脫脂棉塊，便制成了常用的酒精棉。本品具有溶解皮脂、清潔皮膚、殺菌快、刺激性小的特點。用于注射針頭、體溫計、皮膚、手指及手術器械的消毒，是必備的消毒藥。

3.龍膽紫（甲紫）：常用1％溶液，對組織毒性小，無刺激性，有收斂拔毒作用。常用于皮膚和粘膜發炎感染、潰瘍面及膿腫排出膿汁之后的消毒。

4.來蘇兒水（煤酚皂溶液〕：2％溶液用于器械、創面、手臂等消毒。3％-5％溶液用于畜舍地面、食槽、水槽、用具、場地等的消毒。因為毒副作用小，可以帶畜消毒。

5.過氧化氫（雙氧水）：常用3%溶液，本品遇到有機物放出生態氧，呈現殺菌作用。主要用于化膿創口、深部組織創傷及壞死灶等的消毒。

6.新潔爾滅（溴芐烷銨）：常用0.1％溶液，用于手、皮膚、手術器械、沖洗粘膜及工作服等消毒。本品是一種表面活性消毒劑，不能與肥皂同用，因為抵消了消毒作用。

7.高錳酸鉀：本品是一種強氧化劑，對細菌、病毒具有殺滅作用。常用0.1％溶液，用于奶畜乳房消毒，化膿創、潰爛創沖洗等。

8.火堿（氫氧化鈉、燒堿、苛性鈉）：本品對病毒和細菌具有強的殺滅能力，3％溶液用于畜舍地面、食槽、水槽等消毒，可放入消毒池內作為消毒液，并可用于傳染病污染的場地、環境的消毒。但不許帶畜消毒，以防止燒壞皮膚。

9.過氧乙酸（過醋酸）：本品是一種強氧化劑，對病毒、細菌等有殺滅作用。O.1-0.3％溶液用于噴灑畜舍、地面、食槽、水槽、環境等消毒。可以噴霧用于帶畜消毒，一般為18％-20％溶液，按比例配制成0.1％，現用現配，配制之后應盡快用完。

10.漂白粉（含氯石灰）：本品是一種白色粉末，帶有劇烈氯氣味，有強的殺菌作用和除臭能力。10％～20％漂白粉溶液，用于畜舍、運輸的車船、環境、糞便、土壤、污水等的消毒。1％～3％澄清液用于食槽、水槽、用具等消毒。

11.甲醛（40％甲醛溶液是福爾馬林）：本品有極強的還原性，可使蛋白質變性，具有較強的殺菌作用。2％福爾馬林用于器械消毒。豬舍熏蒸清毒，要求室溫20℃，相對濕度60％-80％，門窗密閉，不許漏風。每立方米空間用福爾馬林25毫升、水12.5毫升、高錳酸鉀25克。先把福爾馬林和水放一個容器里，再加入高錳酸鉀；甲醛蒸氣迅速蒸發，人必須快速退出。消毒時間最好24小時以上。特別要注意的先放福爾馬林和水，后放高錳酸鉀。

12.生石灰：配制10％～20％石灰乳，涂刷畜舍墻壁、欄桿、地面等。也可以將生石灰撒在陰濕地面、畜舍地面、糞池周圍及污水溝旁等處。

13.草木灰：草水灰2千克、水10千克混合，煮沸2小時，用麻袋等物濾過，備用。用時加2倍熱水稀釋，用于噴灑或涂擦畜舍地面、欄桿、用具、污染場地等的消毒。本品是一種堿性溶液，殺菌力很強。

市面銷售的消毒劑多為含氯消毒劑，一般按照說明進行稀釋，可用于環境、畜舍、飲水及發生疫情后消毒。