隨著城鄉居民對畜產品消費需求的不斷增長，畜牧業得到快速發展，特別是近年來各地相繼出臺畜禽養殖小區建設的優惠政策，使養殖數量不斷增長，養殖規模持續擴大，畜禽養殖及活體加工過程中產生的大量排泄物和廢棄物，對環境的污染愈來愈突出。據調查，我國每年畜禽養殖業COD（化學需氧量）排放量達到1268.3萬噸，占農業總污染的95.78%，是工業污染的2倍；總氮排放量為102.48萬噸，總磷排放量為16.04萬噸。

目前我國大多數養殖場對其排放的糞便污水沒有進行任何處理而直接排放。畜禽對蛋白質飼料的利用率只有30%~50%，對谷物飼料中的植酸磷利用率也偏低，未利用的氮磷隨畜禽糞便排出體外，其中大部分被氧化為硝酸鹽和磷酸鹽并流入農田之中，長期蓄積造成土壤氮磷含量過高，使土地失去生產價值。

畜禽養殖業未經處理的廢水中氮磷含量很高，這種廢水一旦排入河流和池塘中，將會造成對氮磷敏感的水生生物逐漸死亡，并導致水體富營養化；如果廢水深入地下水中，會使地下水溶解氧含量減少，有毒成份增多，當超出水體自凈能力時，便會造成永久性污染，并難以恢復。

養殖場對空氣的污染包括惡臭、塵埃與微生物。惡臭除畜禽的皮膚分泌物、粘附于皮膚的污物、外激素、呼出氣等產生的特有難聞氣味外，還有來自糞污在堆放過程中有機物的腐敗分解產物，包括甲烷、有機酸、氨、硫化氫、醇類等200多種惡臭物質。惡臭的大部分成份對人和動物有刺激性和毒性。吸入某些高濃度惡臭氣體可引起急性中毒，長期吸入低濃度惡臭氣體，會導致慢性中毒，改變神經內分泌功能，降低代謝和免疫功能，使生產力下降，發病率、死亡率升高。

新建、改建、擴建畜禽養殖場（小區），應當符合畜牧業發展規劃、畜禽養殖污染防治規劃，滿足動物防疫條件，并進行環境影響評估。畜禽養殖污染防治規劃應當與畜牧業發展規劃相銜接，統籌考慮畜禽養殖生產布局，明確污染治理設施建設，以及廢棄物綜合利用等污染防治措施。

嚴格貫徹執行《畜禽規模養殖污染防治條例》，有法可依，有法必依，執法必嚴，對達標排放的養殖場給予適當獎勵，對未按規定對養殖廢棄物進行無害化處理的，由動物衛生監督機構責令無害化處理，所需處理費用由違法行為人承擔，并可以處一定數額的罰款。

科學配制飼料。根據有關研究技術表明，應用飼料膨化技術、添加復合酶制劑、使用活性酵母等，能幫助畜禽維持腸道菌群的平衡，可以提高飼料消化利用率，降低氮的排量。通過降低飼料中粗蛋白的含量，添加合成氨基酸，既不影響畜禽的生產性能和生長發育，又能有效提高飼料利用率，顯著降低畜禽排泄物中氮和磷的含量。

開發與應用畜用防臭劑。利用植物提取物、偏硅酸鹽礦石、綠礬等來吸附、抑制、分解、轉化排泄物中的有毒有害成份，將氨變成硝酸鹽，將硫化氫變成硫酸，作為工業原料，從而減輕或消除環境污染。

利用糞便制造有機肥。畜禽糞便經過合理方式堆制處理后，可使物料完全腐熟，同時殺害其中有害物，制作出高效生物活性有機肥，具有很好的市場前景。

利用畜禽糞便變為燃料。沼氣工程在我國已有多年歷史，將畜禽糞便通過機械刮糞裝置輸送到沼氣池，制取沼氣，生產可再生清潔能源，是科學環保的途徑之一。

畜牧業是現代農業的主導產業，在農業增效，農民增收，改善國民生活水平等方面具有重要作用，畜牧業環境污染問題逐步成為制約其發展的瓶頸。生態養殖，綠色發展，循環經濟的模式，是推動畜牧業持續發展的必然之路。