我國養殖區域比較廣，各地區生產水平差異又很大，決定了我國在未來很長時間內各種生產模式并存。不同的生產模式、區域化市場需求對水禽育種提出了挑戰。高抗病力在小規模、自然條件養殖為主的地區有重要價值，而在完全密閉式環境控制養殖場就沒有那么高的要求。以肉鴨養殖為例，目前有高度集約化飼養的模式，類似于肉雞養殖，全程網上高密度、完全環境控制的養殖模式，也有大棚生產，沒有任何環境控制措施的模式。單個養殖場的養殖規模從幾百只到十萬只，對肉鴨品種有不同的選擇。高密度、完全環境控制鴨舍主要強調肉鴨的生產性能，對抗病力需求就相對差一些，而大棚的生產方式完全依賴于自然條件，只有遮陰棚，對肉鴨的抗病力要求要高很多。

我國育種的另外一個特點是區域化育種，就是各個地區對質量性狀的要求超過對蛋白質本身的需求，消費者首先選擇外觀。肉鴨與蛋鴨的育種工作有些類似肉雞與蛋雞育種發展歷程。

肉鴨育種現在經歷白羽、麻羽等不同類型羽色的變化階段。目前麻羽肉鴨的市場售價是白羽肉鴨的2～3倍。市場對肉鴨選擇基本停留在表型上，這個過程非常類似我國黃羽肉雞市場的發展過程。肉鴨育種工作在區域化育種中如何避免簡單的質量性狀育種是未來肉鴨育種的一個重要挑戰。因此，借鑒黃羽肉雞育種經驗對適應不同地區的肉鴨市場需求有重要價值。這個過程與我國活禽市場發展密切相關。如果家禽交易以活禽市場為主，那么可以預見，未來仍然是質量性狀為主的前提下，開展生產性能的提升。如果活禽市場萎縮或者基本消失，水禽育種將以改良生產性能為主。目前階段，可能活禽市場還有一定空間，在部分水禽消費大區還是以活禽交易為主。水禽育種公司需要具備能隨市場需求隨時調整育種方向的能力，這就要求育種公司需具備人才儲備、資源儲備以及一定的資金實力。

我國水禽產業以及水禽育種處于高速發展的起始階段，市場競爭還沒有蛋雞、肉雞等行業那么激烈，目前是水禽育種業發展的黃金時期。