中國畜禽養殖業養殖的特點是三大“一高一集中”，首先是我國畜牧業生產總值增幅較大，從2000年的1.8萬億增長到2013年的2.8萬億，十年時間增長了1萬億。第二，畜產品產量大。第三，養殖數量大。畜牧業產值占農業總產值的比例高達30%～35%。產業布局向優勢地區集中。

畜牧產業自身存在三高的問題，高成本、高風險、高污染。

經過三十余年的發展，糞污和廢棄物處理問題仍然是畜牧業的短板。在養殖的各個環節都會產生污染源。生產資料方面，如過期的庫存飼料、飼料袋、藥品包裝；家禽養殖中的糞便、死淘的雞只、廢水、羽毛、廢飼料等；家禽產品環節的蛋殼、產品包裝等。

在發霉飼料、飼料浪費、污水、羽毛、死淘雞和糞便等諸多廢棄物中，處理難度最大的是后兩者。通過對424家養殖場的調研發現，78.74%的養殖廠能夠按照國家的要求將死淘雞進行無害化處理，其中71.25%的養殖采用深埋的方式，26.5%的養殖場選擇焚燒，2.25%選擇化尸池。但仍然有21.26%的養殖場沒有采取上述措施，將死淘雞出售、喂狗或丟棄處理。通常，畜禽養殖糞便可以采取飼料化、能源化、肥料化等多元方式進行處理。但在調查中發現，中小型養殖場在清糞方式上選擇人工的比較多，81%的養殖戶出售給有機肥和水產飼料加工企業。近12%是自用，肥田、水產飼料或生產沼氣。也有部分養殖戶廢棄不管。

養殖規模化水平的提高，加之養殖區域的集中，畜禽糞便處理的難度越來越大。主要是無害化處理水平低，資源化利用效率不高。雖然家禽糞便的產量與其他畜種相比不是最大的，但由于養殖周期的原因導致糞便量大、集中，而且家禽糞便的干物質有較高的利用價值，不論從生態環境、食品安全、企業經營還是飼養員身體健康的角度考慮，都應該加大畜禽糞便處理和利用的力度。

畜禽養殖業污染防治目標為可持續發展；方向為堅持生態健康養殖；路徑為穩中提升，在四大安全（食品安全、生態安全、產業安全、生產安全）協調基礎上推進產業生態化，末端驅動，在完善三鏈（主產品鏈、服務鏈和市場鏈）融合基礎上推動生態產業化。核心在于推動適度規模經營，因地制宜，綜合考慮資源約束、生態環境承載力，合理優化區域間、畜禽品種間的養殖規模。基礎在于構建完備的法律法規體系；關鍵在于構建相互協調的產業體系；動力在于市場經濟利益驅動；保障在于技術支撐。