自70 年代德國漢堡成立第一所微生態學研究所起，微生態學逐漸發展成為一門新興學科而令人矚目。微生態學是生命科學的分支，作為一門研究生物體正常微生物群與其宿主相互依賴、相互制約規律的科學，它涉及生物體與其內環境（包括微生物、生物化學和生物物理環境)相適應的問題，與人類健康密切相關。人類醫學經歷了治療醫學和預防醫學，正在向保健醫學邁進，微生態學則是保健醫學的理論和實際應用的基礎學科.

在生物進化過程中，微生物與其宿主(人、動物、植物及微生物)、微生物及微生物以及他們與環境之間，由于長期相互適應的結果，在正常情況下，生物宿主的體表與體內分布著一定種類和數量的，形成一個生態系并保持生態平衡的特定微生物群，稱之為正常菌群（NormalFlora）。

正常菌群分布于人體體表以及與外界相通的腔道，分布部位有皮膚、呼吸道、外耳道、消化道（口腔；胃；空腸；回腸；結腸）、鼻腔、泌尿生殖道等，其中以腸道最多。這些微生物在長期的進化過程中和人形成共生關系。許多微生物對人不僅無害，而且有益。正常菌群中以腸道菌群最具有代表性,研究最有成效。腸道菌群總數可達為1014個細菌，為人體細胞總數的10~20倍，其中至少包括14個菌屬（類桿菌、雙歧桿菌、乳桿菌消化球菌、消化鏈球菌、腸球菌、腸桿菌等），約400~500種細菌，90%~99.9%是厭氧菌（雙岐桿菌、乳桿菌等），腸桿菌、腸球菌等需氧菌數量極少。