牛舍和環境消毒首先要進行徹底的清掃和清洗，對洪水淹過的牛場、牛舍要清除淤積的泥土、砂石、糞便、垃圾及各種污物。按照由遠及近、從上至下、由里到外的順序逐一清掃和清洗，全方位不留死角。經過認真徹底清掃和清洗，不但可以清除大部分病原體，還可以大大減少糞便、垃圾等有機物的數量，有利于化學消毒劑發揮作用。徹底清掃清洗后即可進行化學消毒，一般要求使用2～3種不同作用類型的消毒藥，進行2～3次消毒。

第一次消毒可用堿性消毒藥，如2%～3%的火堿或10%～20%的石灰乳，用來粉刷地面、天棚、墻壁等，用2%火堿水溶液還可用于噴灑消毒。

第二次消毒可用酚類（菌毒敵）或氧化劑（過氧乙酸）進行噴霧消毒。第三次用甲醛熏蒸消毒。應事先計算好消毒舍的容積，每立方米用甲醛42毫升、高錳酸鉀21克，關閉牛舍門窗及通氣孔，舍內溫度應在20℃左右，相對濕度70%以上，一般消毒24小時，而后打開門窗通風即可。

道路及運動場消毒可用10%～20%漂白粉混懸液或干粉撒布，也可用1：200倍的復合酚噴灑。潮濕地面、糞池、糞堆及污水溝可撒布生石灰，干處撒生灰不起消毒作用，因生石灰遇水生成氫氧化鈣，即熟石灰，解離出氫氧離子產生消毒作用。石灰乳應現用現配，配好后宜當天用完。

水源和飲水消毒幾乎所有牛場都是用水井里的水，水井被洪水淹沒后，要先把井水淘凈，清除淤泥，按體積每立方米水加漂白粉6～10克，將井封閉6小時后再用。飲水消毒應選擇有效、安全且無毒、副作用及產品中無殘留的消毒藥，可事先將消毒藥在另外的容器內調成稀釋液，然后放在飲水器或飲水槽內讓畜禽飲用。

一般常用消毒劑有：漂白粉，每升水中加0.3～1.5克；20%過氧乙酸，每升水加1毫升；50%百毒殺，每升水加1～2毫升。建議對牛群進行噴霧消毒，既能直接殺滅隱藏于牛舍內環境（包括空氣中）的病原微生物，又能直接殺滅牛體表、呼吸道淺表滯留的病原體，預防牛的傳染性鼻氣管炎、氣喘病等呼吸道疾病。

此外，噴霧消毒還能沉降粉塵、防暑降溫、提供濕度、凈化空氣、改善牛舍環境。操作時要讓噴霧器的噴頭向上噴霧，使霧滴向下落，霧滴小為好。常用的消毒藥使用濃度為百毒殺0.015%；過氧乙酸0.2%～0.3%；次氯酸鈉0.2%～0.3%；菌毒敵（復合酚）1：250～300。

設備用具消毒養牛場各種設備用具很多，它們的材質、用途各不相同，所以采取消毒方法也不一致。工具類可用高錳酸鉀熏蒸，料桶、飼槽、水槽、水桶、擠奶器等，要先用2%火堿刷洗，然后再用清水沖洗使用；車輛（包括汽車、四輪車、手推車等）要進行噴灑，工作服要清洗后消毒或用紫外線燈照射均可。