2006年初，隨著動物衛生體制改革，我市建立35個鄉鎮動物衛生監督所。為加強管理，市動監局制定了鄉鎮動物衛生監督所管理辦法，落實責任制，實行目標管理百分量化考核，創新工作機制，在全省率先建立新形勢下基層動物衛生組織體系管理運行模式。
　　各鄉鎮動監所明確工作職責，建立防疫制度、監督檢疫制度、動物防疫監督員職責、動物檢疫員職責、值班值宿制度、村動物防疫員職責和收費標準防疫制度、監督檢疫制度9項規章制度。建立了全市統一的動物免疫檔案、產地檢疫檔案、產品檢疫檔案、牲畜交易市場檔案、畜禽養殖檔案、無害化處理記錄、獸藥飼料經營業戶檔案、動物診療機構檔案8項工作檔案，檔案管理做到準確、規范、完整，并全部實行微機化管理。
　　2007年省動監局多次派工作組對阜新鄉鎮動監所工作情況進行調研。5月17日，省動監局主管局長翟國海帶隊對阜新鄉鎮動監所調研結束時說：“阜新鄉鎮動監所管理工作有四大亮點，一是業務工作實行目標考核管理；二是建立獎優懲劣機制；三是合理確定業務工作指標；四是財務實行預算管理。管理工作抓的實、有創新、有特點，給全省樹立了榜樣，應在全省推廣”。 10月28日，省動監局在阜新召開全省基層動物衛生體系建設經驗交流會，推廣我市鄉鎮動監所管理經驗及做法，省動監局長宋樹才在總結時說： “阜新市鄉鎮動監所管理走在了全省前列，在全省開了個好頭，對全省動物衛生系統的機構改革和建設問題具有深刻地指導性意義，為新時期的基層動物衛生體系建設指明了方向，有利于遼寧省動物衛生體系的建設向更好、更強的方向發展”。