雖然抗體是生物科學領域的主力，但是它的可靠性一再讓研究人員處于窘境。隨著理解的加深以及技術的發展，學界有望克服這一問題。
一只小鼠提醒了Clifford Saper這樣一個事實：抗體正在誤導科學界。在1994年到2011年間，Clifford Saper擔任《比較神經學》（Comparative Neurology）雜志的主編。在此期間，他看到了一大堆依靠抗體來標記神經遞質及其受體位置的論文。2000年前后，基因敲除小鼠在生物領域大受歡迎，但結果令人不安。按道理說，基因敲除動物的染色結果應該和對照組小鼠的染色結果存在很大差別。但很多時候結果相同。據如今是波士頓貝絲·以色列·迪肯尼斯醫療中心（Beth Israel Deaconess Medical Center,BIDMC）神經部門主席的Saper回憶，他們發現越來越多的論文因此被撤稿。同時Saper也意識到，他們缺乏系統的方法來評估這些使用抗體的論文。
于是單個雜志革命開始了。Saper和編輯部的同事們提出了一條規則，要求作者提供論文中使用的抗體的廣泛驗證數據。據Saper回憶，這條政策對文章的嚴謹性有很大好處，但對于論文的投稿不利。“很多作者會覺得麻煩，會選擇投稿到其它雜志。”但Saper堅持這一原則。他的努力最終形成了JCN抗體數據庫，一個包含幾千個可信賴的神經解剖學抗體的清單。
如今，醫學研究者仍然不斷遭遇抗體悲劇。最常見的悲劇是騙人的抗體：購買的用于檢測蛋白X的抗體優先與蛋白Y結合（甚至可能完全不與X結合）。另一個悲劇是可重復性差：用新抗體重復以前的實驗，發現結果無法重復。一個好項目因此擱淺（見文末：處于困境的抗體市場）。
但技術的進步和科學界的需求變化將會終結這個抗體泥潭。
抗體是生命科學領域最常用的工具之一。最普遍的用法是在 Western blot中揭示細胞或組織樣本中特定蛋白質的表達量的多少。此外，它們也被用于免疫組化和免疫熒光染色，以便于在顯微鏡下可視化地觀察蛋白，以及其它各類基于抗體會與特定生物分子結合的實驗。據網上生物試劑商城Biocompare 2015年發表的一份報告估計，科研用抗體市場規模達到25億美金，并且仍在增長。抗體的選擇也讓人眼花繚亂——有數以百計的抗體供應商。
在這一巨大市場的背景下，抗體的不可靠性問題非常讓人警醒。特異性不足、敏感度和批次差異性等導致了錯誤的科研發現和大量的科研精力浪費。抗體的不可靠性造成了癌癥、代謝、老化、免疫學和細胞信號轉導以及任何研究復雜的生物分子的領域的巨大損失。因抗體而造成的、在時間和資源方面的浪費非常巨大。據估計，每年因購買質量差的抗體導致的損失達到8億美金，更不要說所造成的無數的錯誤結論、不可解釋的（或曲解）實驗，以及浪費了的病人樣本和增加了的徒勞的研究時間。
瑞典皇家理工學院（Royal Institute of Technology）的研究員Mathias Uhlén表示，因抗體而造成的挫敗已經太多了，是時候做出改進了。“學界對解決這個問題懷有很大興趣。”
勢在必行
對抗體的不滿意激勵了各領域人士采取行動。今年9月，Uhlén主持了由人類蛋白質組組織（Human Proteome Organization，總部在溫哥華，一個國際財團支持的、研究蛋白質的大型項目）舉辦的抗體驗證工作組成立大會。同月，美國實驗生物學學會聯合會（ Federation of American Societies for Experimental Biology）主辦的圓桌會議也探討了抗體問題，預計明年年初發布抗體選擇建議。美國國立衛生研究院（National Institutes of Health, NIH）也參與了這次會議。從明年1月起，基金分配必須包含驗證實驗所需的抗體和其它關鍵資源質量的項目。長遠的解決方案很可能在明年9月在由全球生物標準研究所（Global Biological Standards Institute）主辦的會議上敲定。會議將在加利福尼亞州阿西羅馬舉行。40年前的這個會議上，科學家們謹慎敲定了利用基因重組技術操控DNA的細則。
美國國立綜合醫學科學研究所（National Institute of General Medical Sciences）主任Jon Lorsch指出，他們希望，學界能提出一致同意的解決方案。如此這樣，基金申請人和基金評委在描述如何認證材料時，都將有據可依。
其中一種解決方案就是使用明確了抗體重要標準的菜單。Uhlén提到，他們關注的，不是抗體的好與壞，而是在特定實驗、特定上下文中抗體的效果。 評價體系可能包括利用基因敲減和敲除，來驗證在目標蛋白缺乏的情況下，抗體是否仍會發生結合。另一種方法是把靶蛋白帶上熒光標簽，驗證抗體是否會與未標記的蛋白發生結合。還可以把新抗體和質量好的抗體進行比較。最后，研究者可以通過質譜儀來檢測分析抗體能與哪些分子結合。
一些抗體供應商發布了自己的驗證結果，新的技術也將有助于抗體質量的驗證。英國的生命科學試劑供應商Abcam的首席執行官Alan Hirzel表示，為了驗證出售的抗體的質量，該公司使用了可以精細調整DNA的CRISPR–Cas9基因組編輯方法。該公司計劃在各種目標基因經CRISPR–Cas9技術切除的人類細胞系中驗證抗體，然后把每個抗體的驗證結果發布出來。
位于馬薩諸塞州沃爾瑟姆的生命科學工具提供商Thermo Fisher Scientific的首席科學官Klaus Lindpaintner指出，現在他們擁有能夠驗證抗體質量的技術，而5年前、10年前，他們根本沒辦法做到這點。抗體公司開始把有抗體驗證的數據看成是一大競爭優勢。今年6月，生命科學公司Bio-Rad發布了一系列經過12種不同細胞系裂解物Western Blot實驗驗證的抗體。2014年年中以來，抗體公司Proteintech利用小干擾RNA敲除基因的表達，然后驗證每一個新抗體產品的信號是否隨著蛋白表達的下降而下降。然而，這些努力仍然不夠，只有極小一部分公司愿意展開驗證工作。
NIH的抗體鑒定項目（Antibody Characterization Program）實驗室主任Gordon Whiteley表示，并不是所有的公司都披露具體的測試條件，或何種情況下抗體的表現不佳。抗體鑒定項目的目的是鑒別癌癥生物學可靠的抗體清單。他指出，寫明測試條件和測試結果同樣重要。
抗體生產商Cell Signaling Technology公司的首席科學官Roberto Polakiewicz表示，檢測抗體并沒有最佳方法。開發一種抗體是一種科學試驗。你需要有專業的人士來驗證抗體。如果客戶不能基于驗證結果做出選擇，他們會傾向于尋找一種新的抗體。
但研究人員有時只是很草率地掃一眼數據，很多人甚至都沒有意識到，抗體在一個特定實驗或特定樣本中的表現良好，并不意味著它在其它實驗里也能表現良好。
此外，正如索爾克研究所（Salk Institute）的神經科學家Paul Sawchenko提醒的那樣，商業供應商不能保證一個給定的抗體對每種組織樣本都有效。除非碰巧有人在和你一樣的樣本、一樣的實驗條件下驗證過該抗體的特異性，否則你需要自己去驗證這個抗體到底有沒有效。
重要信息
加利福尼亞大學（University of California）的信息科學家Anita Bandrowski指出，從其他研究者的論文中得到信息是最高效的方法。但問題是，只有不到一半的實驗論文具體描述了試劑使用的抗體貨號。即使作者們寫明了抗體貨號，公司可能會停止出售該產品。Bandrowski是資源識別倡議項目（Resource Identification Initiative，一個NIH支持的、由不同群體的學術合作參與的研究項目）的組長。這一倡議有助于建立一個獨特的抗體識別體系，并說服幾十種雜志要求作者明確地寫明使用的抗體。
信息開始積累。目前已有十幾個專門幫助研究人員選擇抗體的網站。一些網站收集用戶對抗體性能的評價，并提供比較工具。科學出版社F1000旗下網站Antibody Validation Channel，允許研究人員把自己在抗體購買網站上的賬戶貼出來，甚至還能請同行針對抗體結果給出意見和建議。Biocompare雇了一個內容編輯，專門聯系研究者們，請他們對抗體寫評價。
一些抗體供應商，如St John's Laboratory，為研究人員提供使用產品，要求使用者寫試用心得。Antibodies-online，一個抗體的網上銷售平臺，就安排了一個獨立的、第三方機構對抗體進行驗證。Antibodypedia網站的基因敲減計劃于9月推出，該計劃里研究者可以通過抗體驗證掙到幾百美金：免費試用抗體，通過小干擾序列或CRISPR–Cas9等基因沉默技術來驗證抗體的信號強度隨著蛋白表達的下降而下降，然后把數據提交到網站，就可以坐等網站獎勵的幾百美金。
但許多科學家都對匿名評論的信息保持警惕。用戶和公司提供的數據都很少，一些抗體驗證項目只貼出可靠性高的抗體。“有時找個驗證機構都比訂一個抗體來的簡單。”一個抗體網站上的評論寫道。
未來的評估
一些研究人員正在研發直接比較抗體的機制。多倫多大學（University of Toronto）的Aled Edwards是國際結構基因組學聯盟（Structural Genomics Consortium, SGC）主任。他和他的同事們使用質譜檢測和比較1000多種抗體免疫沉淀的蛋白質。該測試由5個參考實驗室進行，歷時4年，花費了3百萬美元，還不算各種人士的好心捐贈。最終，它建立了一個程序來評估抗體質量和提供抗體性能的定量信息，尤其是蛋白沉降實驗。在這種實驗中，研究人員使用抗體將溶液中的目標蛋白沉淀下來。
挪威奧斯陸大學國家醫院（Oslo University Hospital）的蛋白組學專家Fridtjof Lund-Johansen正在開發一個高效的、可同時檢測幾千種抗體的磁珠試驗法。該方法計劃將細胞蛋白分離成許多不同的組分，然后用兩種不同的方法對每個組分中的蛋白質進行檢測分析。一種是質譜法，另一種是基于磁珠陣列、攜帶幾千種抗體的芯片。質譜數據作為參照，用于檢測芯片結果。Lund-Johansen也承認，把這個想法變成成品，將需要巨大的前期工作。“這個想法非常大膽，甚至有些瘋狂，但這是唯一的途徑。”其他科學家對這種方法很感興趣，但不知道它是否能預測抗體在普通試驗中的性能。
瑞典烏普薩拉大學（Uppsala University）的蛋白組學技術開發商Ulf Landegren表示，對抗體的全面評估可能被過分解讀。“討論一種實驗中，一種抗體與目的蛋白結合的能力遠比討論抗體是否能與正確的蛋白質以及其它分子結合有意義。”例如，當抗體結合非目的蛋白以外的蛋白時，有可能發生了交叉反應。交叉反應性不僅取決于一個特定的抗體，也取決于樣品的復雜性、抗體的濃度和目標蛋白的豐度。他建議，研究人員與其僅僅依賴一個抗體，不如成對地檢測能與同一目標蛋白不同部分結合的抗體。與這兩種抗體都發生結合的分子不太可能代表非目的蛋白。
這種方法的一個問題是，科學家們很難知道他們購買的抗體到底與哪個部分結合。供應商往往從不同來源獲取產品，并且不需要披露原始制造商。因此，想要比較幾種抗體的研究人員可能最終會比較由多個供應商銷售的相同產品。一些公司，包括Genlogica和One World Laboratories公司只售原廠提供的抗體，并且提供試用裝抗體，以便研究者同時測試不同批次的同個抗體。
Edwards表示，最大的挑戰不是抗體的驗證，而是說服細胞生物學家在抗體完全驗證之后再使用抗體，盡管他覺得只有雜志強制要求的情況下，研究者們才會這么做。“現在抗體市場監管不足，產品質量沒有保障。”換句話說，只有當研究者們投入精力到抗體的選擇上，供應商才會開始提供抗體的驗證數據，抗體質量才有保障。
處于困境的抗體市場
同一個抗體在幾次實驗里得出的結果不同，會產生災難性的結果。這可能與抗體的生產過程有關。
多克隆抗體是通過收集經過目標抗原刺激免疫的動物的血液而制成的。因此，只要這只動物還活著，就能夠一直提供多克隆抗體。為了產生單克隆抗體，宿主動物接受目標蛋白免疫，然后提取出能識別并對該抗原發生響應的B細胞，使其與骨髓瘤細胞發生融合，從而成為可永久培養的細胞，從而不斷產生目的抗體。
重組抗體不同于傳統的單克隆抗體，因為它們的制備不需要動物。相反，通過確定產生該抗體的基因序列——要么通過對動物的免疫細胞進行測序，要么自己設定序列，檢測產生的蛋白是否符合目標。然后將該基因插入到合適的細胞株中，產生抗體。由于抗體是確定的，即使原始細胞株死亡或發生突變，也能通過基因插入，產生需要的細胞株。
出于對抗體質量的追求，兩個公共基金資助的項目開始檢測市面上銷售的抗體和蛋白結合試劑的質量。這兩個項目分別是2007年發起的Protein Capture Regeants和2010年發起的Affinomics。目前這兩個項目都已接近尾聲。支持者表示，某些抗體，例如轉錄因子的抗體質量格外參差不齊，這些試劑領域的后續投資會取得較高的回報率。
目前多克隆抗體市場份額較大。一項調查發現，2006年以來10000篇生物醫學論文引用了1293種多克隆抗體、755種單抗隆抗體和1種重組單克隆抗體。一些研究人員認為，多克隆抗體能以多種方式靶向目標分子，不僅容易制造，而且在不同背景下都能特異性地識別目標蛋白。
Eric McIntush是蒙哥馬利Bethyl Laboratories的首席科學官。Bethyl Laboratories已有40多年銷售多克隆抗體的經歷，計劃從2016年起銷售重組抗體。他指出，學界對重組抗體也會有需求。公司不可能把資金投入到他們可能永遠不賣的產品中。鑒于多克隆抗體的廣泛可用性，它是目前研發最便宜的抗體，適用于制備一些研究較少的抗體。但隨著目標蛋白結構和功能的不斷明確，以及臨床轉化的需求，重組克隆抗體也將大有可為。
但瑞士蘇黎世大學（University of Zurich）蛋白質工程學家Andreas Plückthu等人認為，單克隆抗體和多克隆抗體最終會被結構更明確的重組抗體完全取代。他同意，許多蛋白質不能被現有的試劑識別，但這并不是使用結構不明確的多克隆抗體的理由。“為什么不使用一些基因可識別或存儲的試劑呢？”
