耗水、污染成為目前北京市畜牧業發展過程中兩大突出問題。2016年年底前，北京市將依法關閉或搬遷禁養區內的畜禽養殖場和養殖專業戶。除了育種、科研用途外，全市禁止新建、擴建規模化養殖場。

目前本市登記的畜禽規模養殖場共有2287個，生豬出欄同比調減5.2%，肉禽出欄同比調減11%，牛奶禽蛋產量與去年基本持平。在糧食、肉蛋奶供給不再短缺的時代，城市水資源短缺和生態環境污染成為發展畜牧業兩個突出問題。去年出臺的“水十條”中明確提出“要防治畜禽養殖污染”，劃定畜禽養殖禁養區。

本市將根據劃定的禁養區，依法關閉或搬遷禁養區內的畜禽養殖場和養殖小區。除了育種、科研用途外，全市禁止新建、擴建規模化養殖場，禁止在水源保護區、自然保護區及其他環境敏感區域新建水產養殖場。

對現存的畜禽養殖，要求和標準也將更為嚴格。規模化畜禽養殖場所要根據污染防治需要，配套建設糞便污水貯存、處理、利用設施，散養密集區要實行畜禽糞便污水分戶收集、集中處理利用。

在推進畜禽養殖場污染物防治的同時，本市還將開展糞便無害化處理與快速發酵、有機肥加工、污水資源化利用等，降低COD、BOD含量，與牧林結合、牧糧結合，實現資源化利用。