食源性致病菌是食物中毒和食源性疾病暴發的重要因素。畜禽肉中的沙門氏菌是導致人類食物中毒的重要原因之一。我國每年約3億人因沙門氏菌感染而患病，約占病原菌食源性疾病總數的70%~80%，而引起沙門氏菌中毒的食品90%以上是動物源性食品。國內畜禽肉中沙門氏菌污染的來源極其復雜，畜禽的飼養、屠宰加工、儲存、銷售等眾多環節均可能受污染，其污染源和污染途徑多種多樣。
為有效控制畜禽產品中沙門氏菌的污染，以便對污染源和污染途徑進行針對性監控，重慶市動物疫病預防控制中心研究人員對重慶市屠宰場、農貿市場和超市供應鏈中畜禽產品的沙門氏菌污染狀況進行了初步調查分析，同時對從供應鏈中分離的沙門氏茵進行18種抗生素的藥敏試驗。調查結果顯示，屠宰環節豬肉中的沙門氏菌污染程度較低，為7.27%；經過運輸到達銷售環節，其污染程度明顯上升，最高的是超市環節，高達64.52%。對其所處的環境進行調查分析，發現屠宰場和超市環境中的沙門氏菌污染較嚴重，尤其是屠宰場容器（88.89%）、臺面（55.56%）和超市刀具（50.00%）、地面（46.67%）；中型規模屠宰場的沙門氏菌污染風險最大。分離菌株對頭孢類藥物敏感，對磺胺類藥物耐藥嚴重，其次為四環素類和β-內酰胺類，多重耐藥情況普遍。
探其原因主要在于畜禽肉產品到餐桌前，在流轉環節，對山門氏菌的污染途徑不能有效控制，尤其在農貿市場和超市銷售過程中，畜禽肉產品往往堆放在一起銷售，極易引起二次污染，同時銷售過程中畜禽肉產品的保存溫度和銷售時間不能有效控制。這提示在對致病菌監測的同時，應提高畜禽肉產品中致病菌污染的防控技術，從而減少疾病的暴發。同時，沙門氏菌多重耐藥的調查結果提示應規范養殖環節抗生素的使用，嚴禁使用人用抗生素。