中國科學院院士桂建芳從水產(chǎn)遺傳育種的重要性和研究基礎出發(fā)，指出國內(nèi)遺傳育種產(chǎn)業(yè)存在的問題。“在基礎研究方面，基礎研究投入低，滿足不了良種培育需求；優(yōu)異種質(zhì)資源挖掘深度、廣度不夠；重要經(jīng)濟性狀遺傳機制解析不夠深入；在前沿、共性技術(shù)上，基因編輯等新技術(shù)尚未廣泛應用，缺乏快速育種技術(shù)；現(xiàn)代育種技術(shù)體系尚需完善，在品種培育上也存在很多問題，一是對原種依賴程度過高，缺乏突破性新品種；二是多個優(yōu)良性狀綜合新品種極少；三是良種覆蓋率和遺傳改良率水平亟待提高。而在示范應用上，規(guī)模化種苗生產(chǎn)技術(shù)滯后，繁育養(yǎng)殖技術(shù)急需提升；商業(yè)育種模式需進一步完善，產(chǎn)業(yè)技術(shù)標準需要制定；產(chǎn)業(yè)鏈不完善，集成度低，缺乏‘育－繁－推’一體化龍頭企業(yè)。”

除了遺傳育種、養(yǎng)殖加工外，病害防控也是水產(chǎn)養(yǎng)殖中的重要一環(huán)。關于水產(chǎn)養(yǎng)殖的病害問題，華東理工大學教授張元興表示，密集的動物群體發(fā)生感染性病害是普遍規(guī)律，而海水養(yǎng)殖魚類的集約化養(yǎng)殖必定經(jīng)受病害疫情的考驗，養(yǎng)殖時間越長，病害越多，病毒病是未來養(yǎng)殖的潛在危險。在海水養(yǎng)殖魚類防病體系中，他認為，病害控制方面我們是嚴重失衡的。養(yǎng)殖環(huán)境、藥物治療、病害控制都有了一定的發(fā)展，唯獨在疫苗應用上缺了一條腿，完全沒有疫苗的應用。

據(jù)“大黃魚之父”劉家富在對繁養(yǎng)技術(shù)的分析中認為，在創(chuàng)新后，育苗技術(shù)從海水魚全長25毫米出苗量約為2000尾/立方米到1萬尾/立方米（正常密度，不主張更高密度），在養(yǎng)殖方面，也從傳統(tǒng)的10多平方米的小網(wǎng)箱，由小改大，由淺改深，提高效率，減少人工費用，同時隨之網(wǎng)箱空間的加大，水流更為暢通，養(yǎng)殖出來的魚質(zhì)量也更好。