在養殖業中使用抗生素的現象非常普遍，但問題不能忽視。很多地方使用抗生素類藥物已遠遠超出了抗菌的范圍，不但存在超劑量使用行為，還存在濫加使用殘留量高、毒副作用大的抗生素類藥物的行為，導致細菌產生抗藥性，給畜禽疫病防治帶來了新的難度。湖南省沅江市農業局高級畜牧師李翠英專家提醒廣大養殖戶不可濫用抗生素。

抗生素所產生的耐藥性是一個全球性問題，畜禽飼料中長期使用某一種抗生素后，不僅可以使病原菌的耐藥性菌株數量增加，而且可使正常菌株對該抗生素產生耐藥性，影響藥物的治療效果。現已發現，抗藥性甚至可以向人體轉移，影響人類疾病的控制。

動物長期使用抗生素，可直接對動物機體產生毒副作用，使免疫機能下降或逐漸減弱，更易感染疾病，一些過去可以形成終生免疫的疾病也頻頻復發。抗生素在飼料中長期添加還會導致抗原質量降低，直接影響免疫功能，對免疫接種產生不良影響。

抗生素在治療動物疫病的同時，必然存在一定的毒副作用，長期使用會在動物體內產生大量的耐藥菌。人類在食用這些動物肉類時，不但其體內殘留的抗生素會轉移到人體，動物體內產生的耐藥菌株也會傳播給人類，而人類對此幾乎無法防范。現已證明，飼料中添加的抗生素在腸道中未被完全吸收的部分，從畜禽的糞便中排出，對大氣、水源、土壤等產生污染，給人類的生存環境帶來不良影響。

抗生素在動物體內對病原微生物殺滅和抑制的同時，難免也會影響機體內有益菌群生長。長期大量使用，會造成機體內菌群失調，微生態平衡被破壞。就個體而言，抗生素破壞消化道的膜菌群，外源致病菌便乘機而入，導致二重感染。

飼料添加抗生素時，應嚴格控制添加量。有的養殖戶為了保證療效，隨意加大添加量，這樣不僅增加了生產成本，提高了病原的耐藥性，而且會帶來環境污染。

嚴格控制用藥時間。一種抗生素在使用一段時間后，有些存活下來的病原菌對這種抗生素產生了抗藥性。控制用藥時間，可以有效地限制藥物在畜禽產品中的殘留量，提高肉食品的安全性。